Получив сведения об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает развернуть масштабную военную операцию под кодовым названием "Фарватер" для получения контроля над ЧАЭС. Согласно разработанному плану первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории и составить детальные схемы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам должны будут выдвинуться основные силы военных.

Несмотря на тщательную подготовку, операция терпит фиаско. Для сбора информации о причинах провала Служба безопасности Украины направляет своего агента в центр Зоны. Дальнейшие события зависят только от игрока.

Особенности игры "S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти":

• Реалистичная реконструкция объектов Зоны отчуждения: города Припяти, железнодорожной станции Янов, завода "Юпитер", села Копачи и других географических объектов.
• Новая сюжетная линия и герои.
• Расширенная система дополнительных квестов.
• Невиданные монстры - химера и бюрер, а также невероятные способности хорошо знакомых чудовищ.
• Уникальная система A-Life, созданная на основе наиболее понравившихся игрокам элементов первых двух проектов серии.
• Возможность продолжить игру после ее прохождения в режиме freeplay.
• Новый интерфейс.

Особенности игр серии S.T.A.L.K.E.R.

• Фотореалистичная графика, беспрецедентная детализация игрового мира.
• Исследования новых аномалий и поиск артефактов в различных областях Зоны с помощью детекторов.
• Система улучшений оружия и брони, ремонт предметов.
• Многопользовательская игра онлайн или по локальной сети.
• Множество возможностей редактора карт.
• Свобода перемещений в пространстве и вариативный сюжет, зависящий от игрока.